ニューヨーク。世界最大のコングロマリットである巨大企業“E（悪魔）コープ”を一番の顧客とするサイバーセキュリティ会社“オールセーフ”。そこで働く青年エリオットは人付き合いが苦手だが、天才的なハッキングで大勢の個人情報、交友関係、性的嗜好など、誰もが他人に知られたくない秘密を集めるのが趣味。彼が唯一心を開くのは、現在の職場を紹介してくれた幼なじみで同僚の女性アンジェラだけだ。 ある深夜、“Eコープ”のサーバーが何者かにハッキングされ、エリオットは被害を最小限に食い止めるが、犯人から“このまま放置しろ”というメッセージを受け取る。そんなエリオットに“ミスター・ロボット”と名乗る正体不明の中年男が近づいてくる。彼はコニー・アイランドの遊園地のさびれたゲームセンターを拠点とする凄腕ハッカー集団“ｆ・ソサエティ”のリーダーで、“Eコープ”が持つメガデータを破壊することで金融界に混乱を起こして世界に革命を起こすと宣言。エリオットを仲間に誘うが!?